1995年初，小湾电站进入实质性可研论证阶段，为了进一步配合做好此项工作，1995年4月15日，县人民政府批准成立了凤庆县人民政府移民搬迁办公室，属土地管理局内设股室机构，定编5人。

1999年，小湾电站开始筹建。为切实做好小湾电站凤庆库区的移民搬迁安置工作，全力支援电站建设，2001年1月，经中共凤庆县委、县人民政府批准，县移民搬迁办公室由原县土地管理局分设，单列为县人民政府直属办事机构，级格为正科级，事业单位列为推公，内设“一室三科”，即：办公室、计划财务科、移民安置科、工程管理科，专司小湾电站的移民搬迁安置工作。主任李尚清，副主任杨永革。2001年2月，县机构编制委员会行文核定县移民办事业人员编制人数及领导职数。编制人数20人，领导职数一正三副。

2002年4至6月，在县级机关机构改革中，县人民政府核定县移民办行政编制18名（县编），其中科级领导职数3名，股室领导职数4名。工勤人员编制1名。同时将计划财务科更名为财务统计股，移民安置科更名为移民安置股，工程管理科更名为工程管理股，保留办公室。 承担了原凤庆县支援小湾电站建设协调领导组办公室划入的移民搬迁安置职能。加强了对库区和县内移民安置点的生物资源进行合理开发利用、保护库区和县内移民安置点的生态环境，走可持续发展的道路等职能。

2005年4月，根据《中共凤庆县委、凤庆县人民政府关于县级机关机构改革的实施意见》（凤发〔2005〕2号）精神，凤庆县人民政府移民搬迁办公室更名为凤庆县移民局，为行使行政职能的正科级事业单位。2005年9月19日，凤庆县人民政府办公室印发了《凤庆县移民局职能配置、内设机构和人员编制方案》（凤政办发〔2005〕173号）。2005年11月1日，凤庆县移民局挂牌。

2011年，根据《凤庆县人民政府办公室关于印发〈凤庆县移民局主要职责内设机构和人员编制规定〉的通知》（凤政办发〔2011〕119号）文件，明确凤庆县移民局属县人民政府直属正科级事业单位（人员参照公务员法管理），内设6个股室，即办公室、财务统计股、移民安置股、规划工程管理股、移民后期扶持股、信访接待室，1个事业单位，即技术服务中心；设立中共移民局支部委员会、工会、妇女小组等党组织和群团组织。县人民政府核定我局事业编制17名（人员参照公务员法管理），其中：局长1名（正科级），副局长4名（副科级），股室领导职数6名。工勤编制1名，事业编制7名。《凤庆县机构编制委员会关于增加县移民局事业编制的通知》（凤编委〔2013〕39号）文件，增加移民工程技术服务中心事业编制2名，增编后，移民工程技术服务中心事业编制共8名（管理人员编制1名，专业技术人员编制7名）。

2019年3月16日，根据《中共凤庆县委办公室》（2019—22 ）文件，凤庆县搬迁安置办公室挂牌。2019年3月18日，根据《中共凤庆县委办公室 凤庆县人民政府办公室关于印发的通知》（凤办字〔2019〕35号）文件，明确凤庆县搬迁安置办公室属县人民政府直属正科级事业单位，内设四个股室，即办公室、项目办、财务统计股、搬迁安置及后期扶持股，县委办公室、县人民政府核定我办事业编制8名，其中：主任1名（正科级），副主任4名（副科级）。