凤庆县科学技术局属于县政府工作部门，机构为正科级。内设3个股室，下属事业单位1个。核定行政编制5名，现有干部职工9名。设局长1名（正科级），副局长2名（副科级）。事业编制5名。

主要职责：贯彻执行党和国家及省、市科技发展战略规划、方针政策和法律法规，组织拟订全县创新驱动发展规划、科技创新政策措施并推动实施。统筹推进全县科技创新体系建设和科技体制改革，会同有关部门健全技术创新激励机制。指导科研机构和企业科技创新能力建设，负责全县重大科技决策咨询制度建设。牵头做好企业研发经费（R&D）投入的协调、评估、监管和统计工作；会同有关部门提出优化配置科技资源的政策措施建议，推动多元化科技投入体系建设。负责列入县科技局的县级科学事业费、科技专项资金的预决算，协调管理县级财政科技计划（专项、基金等），负责拟定县级年度科技计划专项并组织实施。牵头拟定科技促进农业农村发展、工业与高新技术产业发展、应用基础研究的规划、计划和相关配套政策并监督实施。参与编制全县重大科技创新基地建设规划和重大科技基础设施建设规划并推动实施。负责组织推荐申报国家、省级、市级科技计划项目并监督实施。统筹先进适用技术、关键共性技术、前沿引领技术、现代工程技术、颠覆性技术研发和创新，促进传统产业改造提升；牵头组织重大技术攻关和科技成果应用示范；指导培育高新技术企业、农业科技园区建设等相关工作。牵头负责全县技术转移体系建设，组织落实科技成果转移转化和促进产学研结合的相关政策措施。指导科技服务业、技术市场和科技中介组织发展。负责科技监督评价体系建设和相关科技评估管理，推进科技评价机制改革，加强科研诚信建设。组织实施创新调查和科技报告制度，指导相关部门做好科技保密工作。组织开展国内外、省内外和市内外科技合作与科技人才交流。指导相关部门对外科技合作与科技人才交流工作。拟定全县重点引进外国专家计划，并组织实施；拟建立外国专家和团队吸引集聚机制及联系服务机制。承担外国专家引进和服务管理相关工作。会同有关部门拟订科技人才队伍建设规划和政策，建立健全科技人才评价和激励机制。组织实施科技人才计划，负责归口管理的科技创新创业人才及创新团队培养和引进工作。组织做好全县推荐申报国家、省级科学技术奖工作。组织拟订全县科学技术普及和科学传播规划、政策，牵头指导协调推动全县科普工作。组织开展科技宣传工作，负责科学技术成果评价登记和科技统计工作。提出科技扶贫、科技创新引领打造“三张牌”、科技助推乡村振兴发展、科技支撑中药材产业发展等相关建议，并会同有关部门推动落实。指导县级各部门和乡（镇）科技管理工作。完成县委和县政府交办的其他任务。